• Ciências Sociais Aplicadas;
• Ciências Biológicas e Agrárias;
• Ciências Agrárias;
• Ciências Exatas e da Terra;
• Ciências da Saúde;
• Engenharias;
• Ciências Humanas;
• Línguistica, Letras e Artes.
  

A FTC possui 23 grupos de pesquisa credenciados pelo CNPq; 158 pesquisadores, dos quais 51 são doutores e 15 bolsas de iniciação científica, concedidas pela FAPESB - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia.

Os grupos de pesquisa são multidisciplinares e transdisciplinares, envolvendo professores de uma mesma área ou de áreas distintas.

Eles também funcionam como Núcleos de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, com projetos que subsidiam áreas como: mecatrônica, agronegócios, energias alternativas, meio ambiente e química de produtos naturais.